【DCMTK】使用DCMTK库读取多帧DICOM数据-程序员宅基地

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日常应用中,经常会遇到读取单幅多帧的DICOM图像,如造影数据,但是VTK库不支持直接从单幅多帧的dcm文件中读取数据,因此常用DCMTK库读取多帧数据。

1、DcmFileFormat

DcmFileFormat 类是从 DcmObject 继承的类,是处理 DICOM 文件格式的类(带有头文件标签)。
在这里插入图片描述
它包含一个数据集对象,该对象存储着 DICOM 文件中的头文件信息。
DcmFileFormat 类主要提供了以下功能:

  1. 从文件中读取DICOM格式的数据,并将其解析为DcmDataset对象。
  2. 将DcmDataset对象的内容写入到文件中。
  3. 提供了一些文件相关的操作,如获取文件路径、检查文件是否打开等。
  4. 封装了读写文件的方法,提供了一些便捷的读写操作。

需要注意的是DcmFileFormat类并没有定义DICOM数据集中的具体属性,而是通过DcmDataset对象来保存和处理属性值。所以在使用DcmFileFormat类时,需要先创建一个DcmDataset对象并填充数据,然后将DcmDataset对象赋值给DcmFileFormat对象的数据集属性。

DcmFileFormat 类的主要成员函数有:

  • loadFile:从文件中读取DICOM数据,并解析为DcmDataset对象。
  • saveFile:将DcmDataset对象的内容写入到文件中。
  • setFileMetaInfo:设置文件的头文件信息。
  • getFileMetaInfo:获取文件的头文件信息。
  • getDataset:获取文件的数据集。
  • getFilePath:获取文件路径。
  • isOpen:判断文件是否已经打开。
  • clear:清除文件数据。

DcmFileFormat 类的主要属性有:

  • DataSet:保存DICOM文件中的数据集对象。
  • FileMetaInfo:保存文件的元信息。

通过使用DcmFileFormat类,可以方便地读取和写入DICOM文件,并进行数据的处理和操作。

2、DcmDataset

DcmDataset类是PyDicom库中的一个重要类,用于表示一个DICOM数据集。它是一个字典(key-value)类型的数据结构,其中key是数据元素(Data Element)的标签值,value是数据元素的值。

DcmDataset类可以用于读取、写入和修改DICOM文件的数据集。通过对DcmDataset对象的属性和方法的操作,可以实现对DICOM数据的访问、分析和处理。比如可以根据SOP实例标识符获取指定的DICOM图像,根据患者ID和检查日期等属性对DICOM文件进行排序和筛选,以及将DICOM数据集保存成新的DICOM文件等。

在处理DICOM数据时,可以通过DcmFileFormat类将DICOM文件读入内存,得到一个DcmDataset对象,然后对DcmDataset对象进行操作,最后再通过DcmFileFormat类将修改后的DcmDataset对象保存为DICOM文件。

DcmDataset类提供了一些方法,用于操作DICOM数据集,例如:

  • add_new():添加新的数据元素。
  • remove():移除指定的数据元素。
  • get():获取指定数据元素的值。
  • set():设置指定数据元素的值。

DcmDataset类的常用属性和方法包括:

  • file_meta:DICOM文件元数据,通常包括文件元信息(File Meta Information)和文件头(File Header)等信息。
  • SOPClassUID:SOP(Service Object Pair)类标识符,用于确定DICOM对象的类别。
  • SOPInstanceUID:SOP实例标识符,用于唯一标识一个DICOM实例。
  • PixelData:像素数据,表示图像的像素值和像素排列方式。

其余常用属性及实际使用代码见第4小节

3、DicomImage

DicomImage类用于读取和处理 DICOM 图像文件。它可以读取标准 DICOM 文件,是用来表示单个DICOM图像的类。它提供了访问DICOM图像数据的方法,比如像素值、像素尺寸、像素类型等。它还提供了一些功能,比如调整图像方向、旋转图像、剪切图像等。

常用的成员函数有:

  • getOutputData: 获取图像的像素数据。
  • getWidth: 获取图像的宽度(像素)。
  • getHeight: 获取图像的高度(像素)。
  • getBitsAllocated: 获取图像的位深度(位)。
  • getBitsStored: 获取图像的像素点位数(位)。
  • getHighBit: 获取图像的高位数(位)。
  • getFrameCount: 获取图像的像素样本数。
  • getSampleRate: 获取图像的像素采样频率(Hz)。

总的来说,DicomImage类是用来操作DICOM图像数据的,DcmDataset类用于操作DICOM数据集的内容,而DcmFileFormat类是用来操作DICOM文件的。这三个类在DICOM Toolkit中是相辅相成的,可以一起使用来处理DICOM数据。

4、代码示例:

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <string>

#include <dcmtk/dcmimgle/dcmimage.h>
#include <dcmtk/dcmdata/dctk.h>
#include <dcmtk/dcmdata/dcpxitem.h>
#include <dcmtk/config/osconfig.h>

//path:dicom数据的存储路径
bool loadDcmDataByDCMTK(std::string path)
{
    
    DcmFileFormat fileFormat;
	OFCondition oc = fileFormat.loadFile(path.c_str());
    //判断Dicom文件是否读取成功
    if (!oc.good())       
	{
    
		std::cerr << ": "<<"file Load error" << std::endl;
		return false;
	}
	
	//获取DICOM的数据集
	DcmDataset *dataSet = fileformat.getDataset();
    
    //得到传输语法 
	E_TransferSyntax xfer = dataSet->getOriginalXfer();
    
    //得到图像数据
    DicomImage* dicomImage= new DicomImage((DcmObject*)dataSet, xfer);
    //也可以直接读取dcm数据:DicomImage image("path/image.dcm");
}

从数据集DcmDataset 获取到感兴趣的所有头文件信息,可以获取Element、Elements、String、OFString、OFStringArray、Uint8、Uint8Array、Uint16、Uint16Array、Sint16、Sint16Array、Uint32、Uint32Array、Sint32、Sint32Array、Uint64、Uint64Array、Sint64、Sint64Array、LongInt、Float32、Float32Array、Float64、Float64Array等多种格式的数据:

	//获取DICOM的相关头文件信息
	//获取病人姓名PatientName
	OFString patientname;
	dataSet->findAndGetOFString(DCM_PatientName, patientname);  
	//患者ID,用于标识患者
	std::string patientID;
	dataSet->findAndGetString(DCM_PatientID, patientID);
	//还有出生日期PatientBirthDate,性别PatientSex,年龄PatientAge等等
	
	//获取图片的帧数
	OFString frameCount;
	dataSet->findAndGetOFString(DCM_NumberOfFrames, frameCount);
	std::string framecount = std::atoi(frameCount.c_str());    //将字符串转换成整数
	
	//获取图像的窗宽高
	unsigned short row,colume;
	dataSet->findAndGetUint16(DCM_Rows, row);
	dataSet->findAndGetUint16(DCM_Columns, colume);
	//窗宽:WindowCenter,窗位WindowWidth
	//获取图像像素间距信息
	unsigned pixelSpacing;
	dataSet->findAndGetUint32(DCM_PixelSpacing, pixelSpacing);
	
    //获取射线源到平板探测器的距离SID
    double SID;
	dataSet->findAndGetFloat64(DCM_DistanceSourceToDetector, SID);
	//射线源到病人的距离PID
	double PID;
	dataSet->findAndGetFloat64(DCM_DistanceSourceToPatient, PID);
	
	//获取图像拍摄时的主角度,正的是LAO,负值是RAO
	double primaryAngle;
	dataSet->findAndGetFloat64(DCM_PositionerPrimaryAngle, primaryAngle);
	//获取图像拍摄时的从角度,正的是CRA,负值是CAU
	double secondaryAngle;
	dataSet->findAndGetFloat64(DCM_PositionerSecondaryAngle, secondaryAngle);
	
    //获取图像检查Study类的信息
    const char* value;
    dataSet->findAndGetString(DCM_StudyID, value); //检查实例号
    //检查UID号:StudyInstanceUID(不同检查的唯一标识号),检查日期:StudyDate,检查号:AccessionNumber(标识做检查的次序),
    //检查中含有的不同检查类型:ModalitiesInStudy,检查部位:BodyPartExamined,检查时的描述:StudyDescription,检查医生:PerformingPhysicianName等
    
    //获取图像序列Series类的信息
    dataSet->findAndGetString(DCM_SeriesNumber, value); //序列号,识别不同检查的号码
    //序列实例号SeriesInstanceUID(不同检查的唯一标识号),序列日期:SeriesDate,序列描述:SeriesDescription,
    //检查模态(MRI/CT/CR/DR):Modality,获取数量:AcquisitionNumber等
    
    //获取图像Image类的信息
    dataSet->findAndGetString( DCM_SOPInstanceUID, value);
    //类型:ImageType,图像层厚(mm):SliceThickness,图像号码:InstanceNumber
    

为防止读取失败,也可以在读取过程中增加校验:

const DcmTag& tag;
const char*& out;
if (dataSet->findAndGetString(tag, out).good())
	{
    
		if (out != nullptr)
		{
    
			//......
		}
		else
		{
    
			//......
		}
	}
	

在实际应用中,曾经遇到过十六进制存储的头文件信息,直接用findAndGetString()获取为空,需要注意,当时的解决办法是先用findAndGetOFStringArray()获取到所有的十六进制字符串,然后转回string。

DicomImage的常用功能代码:

//获取图像的像素数据
const DicomImage::DataArray& pixels = dicomImage->getPixelData();

//获取图像的宽度和高度
int width = dicomImage->getWidth();
int height = dicomImage->getHeight();

//获取像素的位深度和采样精度
int bits = dicomImage->getBitsAllocated();
int precision = dicomImage->getBitsStored();

//获取DICOM图像的元数据信息
const DicomImage::Metadata& metadata = dicomImage->getMetadata();

//将DICOM图像保存为其他格式(如BMP、JPEG等):
dicomImage->saveImage("savepath/image.bmp");


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