总之，Swiss-Model是一种基于同源性的建模方法，可以用于预测蛋白质的三维结构，并且随着实验确定结构数量的增加，其准确性和可靠性也会不断提高。准确：Swiss-Model基于已知的模板蛋白质结构来预测目标蛋白质的结构...
”SWISS-Model“ 的搜索结果
利用Swiss-model API提交序列进行建模
再將模板結構與並列分析之結果一起送到 Swiss-Model 執行 optimise 模式的結構預測。為了方便使用者以互動的方式觀察結構，該程式不但可自動偵測並選擇 α-螺旋或 β-鏈等結構，更能以 Ramachandran plot 顯示每個...
如果一致度能达到30%，那么模型的准确度就可以达到80%，模型可以用于寻找功能位点，以及推测功能关系等。...显示结果，选择"Model 02"，因为它具有最高 (100.00%) 的sequence identity以及相当大的coverage。
使用SWISS-MODEL对Pifuc-TnC进行三维建模，表明在连接位置II和III EF-手基序的α-螺旋中存在短环。 我们使用获得的cDNA和基因组序列的Splign比对预测了Pifuc-TnC的基因结构，并阐明了Pifuc-TnC由五个外显子组成，...
用swiss-model (3 models)和modeller (6 models)分别预测给定序列的结构，并用PROCHECK，Molprobity，Errat, Verify_3D分别评价所得预测模型，详细注释所得结果 依据打分情况，选出最佳的模型，说明理由。 建模...
原理根据对天然蛋白质结构与功能分析建立起来的数据库里的数据，可以预测一定氨基酸序列肽链空间结构和生物功能；也可以通过分子动力学、分子热力学等，根据能量最低、同一位置不能同时存在两个原子等基本原则分析...
SWISS-MODEL同源建模服务器和知识库快速入门.PDFSWISS-MODEL 同源建模服务器和知识库快速入门http ://以下是对 SWISS-MODEL ，一个同源建模服务器和已注释的蛋白质三维结构同源模型的知识库的介 。本指南帮助读者...
再將模板結構與並列分析之結果一起送到 Swiss-Model 執行 optimise 模式的結構預測。為了方便使用者以互動的方式觀察結構，該程式不但可自動偵測並選擇 α-螺旋或 β-鏈等結構，更能以 Ramachandran plot 顯示每個...
使用同源建模预测蛋白质结构
标签： 数据挖掘
相关专题几个常用蛋白质分析网站，分享一下!1.从氨基酸组成辨识蛋白质ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/PROSEARCH：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html2.预测蛋白质的物理性质：等电点、分子 量、酶切特性、...
目录前言文章内容一、文章介绍1.目的2.背景二、十个建模技巧1.模板选择2.读入数据总结功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表...
文章目录核酸数据库非编码RNA数据库1.非编码小RNA数据库2.长非编码RNA数据库：3.非编码RNA家族数据库4.非编码RNA序列数据库蛋白质数据库0.蛋白质信息1.蛋白序列数据库2.蛋白质结构数据库3.蛋白组数据库4....
PDB(Protein Data Bank,简称PDB)蛋白质结构数据库是美国Brookhaven国家实验在1971年创建，由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称RCSB)维护。...
Ramachandran plot（拉氏图）是由G. N. Ramachandran等人[1]于1963年开发的，用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可视化方法。同时也可以反映出该蛋白质的构象是否合理。...
蛋白质数据库Protein Data ...PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。PDB数据库存储结构数据的...
在原有蛋白质ClC-ec1晶体结构的基础上,依据同源建模的原理,借助SWISS-MODEL网络服务器构建了一类重要氯离子通道蛋白质ClC-0的空间结构,同时对所得结构的合理性进行了分析。通过衡量结构的Z-score值、分析结构的空间...
利用ProtParam、TopPred、PredictProtein、PSORT- B Prediction、SWISS-MODEL等软件分别分析蛋白质的理化性质、跨膜区、二级结构、亚细胞定位、三维结构.结果显示:PgsB是亲水不稳定蛋白,通过豆蔻酰锚钩锚定于质膜上,...
Swiss-model也是一款预测蛋白质结构模型的工具。网页地址：https://swissmodel.expasy.org/ 首先，进行常规的注册后，点击start modelling 以搜索BRCA1蛋白质为例： 进入NCBI的protein网页：...
为了克服这些限制，我们开发了一种用于比较蛋白质建模的环境，该环境由SWISS-MODEL（一种用于自动比较蛋白质建模的服务器）和SWISS-PdbViewer（一种构成工作台的序列）组成。Swiss-PdbViewer不仅充当SWISS-MO...
本人最近用Swiss-model建了一个双链蛋白质模型，但是这个在线网站没有loop区优化功能，想着用MD优化该蛋白结构，但是害怕没有建立loop区无法进行对接，请大佬指点一下，模型建立以后要怎样优化 ...
Amber 蛋白残基重新编号
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