本实验在同源建模和氨基酸序列比对的基础上,选取脱毛碱性蛋白酶 (DHAP)8个氨基酸位点进行饱和突变.通过牛奶平板和96 孔板发酵筛选,获得了4个催化特性改良的突变体,测序鉴定为D248F,D248S,M233L和 W214K.利用酪蛋白和...
疾病相关单核苷酸多态性的特征分析与建模预测,郭延芝,唐晓玲,利用77个蛋白质序列描述符对信号肽上的有害非同义单核苷酸多态性进行数值表征。然后选用Weka中的两种特征选择方法:CfsSubsetEv&
E-钙粘素、γ-连环素及基质金属蛋白酶-9的表达与原发性肝癌侵袭转移的关系.pdf
赛题 B : “ 药食同源 ” 的物质基础中医自古以来就有“药食同源”(又称为“医食同源”)理论:许多食物既是食物也是药物,食物和药物一样能够防治疾病。“药食同源”的主要依据是:食物和药物同样具有四性(寒、...
蛋白偶联受体促进配体分子生物活性的建模和解释。 (审核中) 联系人 1: 该软件包可免费用于学术用途。 您可以自行承担风险。 其他用途请联系吴建生博士()。 关于代码的任何问题,请随时联系PH.D Jiansheng Wu。 ...
2019年12月,洛桑联邦理工学院和瑞士生物信息研究所的研究者在nature methods上提出使用分子表面的化学和几何指纹,来预测蛋白质和其他分子间的相互作用。1介绍蛋白质与其他生物...
HN-PPISP: 这个蛋白质相互作用的不好做啊,数据处理是个很大的问题,好像是绑定位点,而且数据集不平衡,结果倒是不高,我怕是做不了。
蛋白质由于其来自于生命体的本质,在工业环境下通常是不稳定的。暂不提高温高压或者含有有机溶剂的极端环境,就是在室温下抑或保存在4度的冰箱中,很多蛋白质都会很快的发生聚集、失活。稳定蛋白质的方法有很多种,...
深度学习在药物设计方面取得了巨大成功。生成模型主要思想是在紧凑的低维空间中高效地表示所有收集的化学...更具体地说,给定目标蛋白的 3D 结合口袋,这些模型知道 3D 口袋的几何信息,并相应地生成与口袋结合的分子。
AlphaFold可以准确预测蛋白质结构的3D模型,并具有加速生物学各个领域研究的潜力。 蛋白质对于生命至关重要,几乎可以支持其所有功能。 它们是大型复杂分子,由氨基酸链组成,蛋白质的作用很大程度上取决于其独特...
实验对象:目标体系为modeller或其他方法建模的结果中评价最好的模型。 软件: Gromacs-5.1.2 二、实验步骤 加立场 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。 2、加模拟...
上皮钙黏蛋白、P53和Bcl-2在涎腺腺样囊性癌组织中的表达及与肺转移、神经浸润的相关性.pdf
本人最近用Swiss-model建了一个双链蛋白质模型,但是这个在线网站没有loop区优化功能,想着用MD优化该蛋白结构,但是害怕没有建立loop区无法进行对接,请大佬指点一下,模型建立以后要怎样优化 ...
结构蛋白质组学应用程序开发环境是用于开发和部署生物信息学应用程序的Python工具... 处理蛋白质序列和结构的图形,分析和建模。 源和Win安装程序可用。 可以从http://www.github.com/deaconjs/SPADE克隆SPADE源代码。
基于CAD与3D打印技术设计制作的缓释PDGF-BB_HA-PLA_纤维蛋白胶三维复合支架在骨缺损治疗领域的实验研究.pdf
你知道 AlphaFold2 吗?它真正解决了蛋白质三维结构预测的算法困境,堪称蛋白质界的 chat-GPT4,甚至它的意义不是 chat-GPT4 所能够匹敌的。它为世界疾病治疗药物开发以及探究生物生命之谜提供了通向天神的一条道路...
AlphaFold2和RoseTTAFold等深度学习算法现在可以根据蛋白质的线性序列预测其三维形状,这对结构生物学家来说是一个巨大的福音。
卵巢上皮性癌组织中IGF-1、E-cad蛋白的表达以及IGF-1对卵巢癌SKOV3细胞E-cad表达和侵袭力的影响.pdf
聚合物建模方法; Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法; 聚合物PDB文件生成; 开始模拟。 第一步: 尽管Gromacs与Amber都包含适合蛋白质与核酸体系模拟的力场,但到目前为止罕有专为人工聚合物体系开发...
Bottino和L.Martínez撰写的文章《针对蛋白质建模中的约束选择的结构判别分析(XXX)》一文。 配置 为了遵循本教程,您将需要设置一些软件: 如果只想使用分析和选择脚本... M3G的最新版本的Lovoalign和G-Score...
非小细胞肺癌组织中抑癌基因RUNX3启动子甲基化与肿瘤侵袭相关基因E-Cad、MMP-7和TIMP-1蛋白表达的关系.pdf
目录Paper_Info预备知识:AbstractMotivation:Results:1 Introduction2 Methods2.1 Data2.2 基于 I-TASSER的结构构件2.3 Features extraction2.4 Convolutional neural networks2.5 aPRBind算法的体系结构2.6 ...
摘要 蛋白质功能的诠释对于从分子水平理解生命具有重要作用。高通量测序产生了大量的原始蛋白质序列,只有大约1%的蛋白质序列被人工标注了功能。函数的实验性注释是昂贵的、耗时的,并且跟不上序列号的快速增长。...
"我们把“年”当作收获的象征。也有人说,认为“年”字按古人的写法,是个象形字,有头有尾,四脚伸开,像一个大壁虎,是种可怕的不祥之兽,一岁之中,若没有遇见它,便平平安安地度过了,于是大家聚在一起烧些好...